Het gastouderbureau int de opvangkosten van ouders en betaalt vervolgens aan de gastouder het afgesproken tarief. Volgens de Wet op het Financieel Toezicht moeten gastouderbureaus het geld dat bestemd is voor de gastouder, binnen vijf kalenderdagen na ontvangst, overmaken naar de gastouder. De Nederlandsche Bank houdt toezicht op de naleving hiervan.
Ouders kiezen er soms voor om een gastouder direct te betalen, als het gastouderbureau te laat is met de betaling aan de gastouder. Dit is wettelijk verboden. Er zou dan immers sprake kunnen zijn van een arbeidsrelatie. Het gevolg daarvan kan zijn dat de ouder niet meer in aanmerking komt voor de kinderopvangtoeslag.